实质性条款变更通常是在中标合同签订后双方另行商定，本条是建立是中标合同合法有效的前提下，双方另行签订变更实质性条款。但也不排除招投标双方在事前就合同相关实质性内容进行了磋商或者签订意向书乃至于订立标前协议，此种情况下存在招投标双方串标的嫌疑，影响到中标合同有效无效。对该问题，如果招投标人在招投标过程中没有串通，那么中标合同有效，假设双方按照标前商定履行，则任何一方均可主张按照中标合同进行结算；如果双方存在串通，则中标合同因违反招投标法的规定，中标无效，两份合同均无效，则按照《新司法解释一》第24条的规定进行结算，