典型的结算协议其实会是两个层面，第一个层面是最高院定义的，“在履行合同出现重大变化时，对工程价款结算约定进行相应调整”并“就工程价款结算达成的新协议”，即情势变更情形下的合同变更。第二个层面是根据变更后的合同结算。如果不存在合同变更的，则直接按照原合同约定结算。

其中，依合同约定或依变更后的合同约定进行结算，只是一个合同履行的行为，不含有任何的意思表示。而所谓协议，当然是双方意思表示一致的结果，所以单纯的依约结算行为根本就无关乎所谓协议问题，当然就更谈不上所谓有效或无效。如果结算未依合同约定出现了偏差，那是属于未依约履行问题。

能够谈的上效力的，其实只是第一个层面的合同变更，而合同变更，正常而言变更后的条款当然属于原合同的组成部分，无论是关于价款调整，还是关于违约责任的调整，其效力的认定当然必须与原合同一致。当然，如果在结算协议中出现了跟原合同完全无关的新的协议条款，则其效力应当单独考虑。此外特别需要指出的是，如果通过结算协议改变了原合同的实质性约定，可能会导致违反《招标投标法》的相关规定而导致变更部分无效。

现在，让我们回到本文开始的问题，双方在结算协议中约定违约金的，因为结算款项属于原合同的价款，因此对合同价款约定的违约金属于对原合同工程款逾期支付违约责任的变更，如原合同无效，则变更后的违约金条款亦无效。

结语

正常的结算协议，一般是分为两个层面，第一个层面是对原合同条款的变更，第二个层面是根据变更后的合同条款进行结算。其中依约结算并非民事法律行为，故不存在效力之说。如对原合同条款进行变更，则变更后的条款属于原合同的组成部分，其效力认定一般应与原合同一致。